Die Arbeiten zum Bau eines Hafens begannen 1937, wurden durch den Ausbruch des 2. Weltkrieges jedoch beeinträchtigt. 1941 legte ein erstes Schiff mit 250 t Kohle in Birsfelden an. Die Hafenbahn wurde im Jahr 1940 gegründet und verbindet die Häfen Birsfelden und Au mit dem Rangierbahnhof Basel.

Von 1944 – 46 war infolge kriegerischer Zerstörung des Kraftwerks Kembs jegliche Schifffahrt eingestellt. Mit dem 1954 in Betrieb gegangenen Kraftwerk
und dem damit verbundenen geregelten Wasserstand konnte der Hafen Birsfelden kontinuierlich ausgebaut werden.

2006 wurden die Rheinschifffahrtsdirektion Basel und die Rheinhäfen des Kantons Basel-Landschaft zu einer einzigen Organisation zusammengelegt.
Im Jahr 2008 erfolgte der Neubau von Lagerhallen und einer Schiffsanlegestelle der Firma Ultra-Brag, da der Rheinhafen St. Johann wegen dem Bau des Campus Novartis verlegt wird.

Hauptanteil am Güterumschlag haben flüssige Treib- und Brennstoffe (68.3 %, 2005). Benzin und Heizöl werden in grossen Tankanlagen gelagert, u. a. Avia (78 Tanks mit einem Fassungsvermögen von 280 000 m3). Es folgen Getreide, Stahl und Metalle (10.5 %) sowie Stückgut (11.6 %).